部分脂肪可被乳酸菌发酵降解，易于消化并增加其中游离脂肪酸、挥发性脂肪酸的含量。乳酸菌在代谢过程中消耗部分维生素，同时合成叶酸等B族维生素，提高矿物元素的生物活性，进而达到为宿主提供必需营养物质、增强营养代谢、促进其生长的作用。此外，乳酸菌产生的酸性代谢产物可以使肠道环境呈现偏酸性，与一般消化酶的Zui适pH符合(淀粉酶6.5、糖化酶4.4)，有利于营养素的消化吸收。
动物的整个消化道在正常情况下都寄生有大量的微生物，按照它们的作用可分为三类：共生性类型。在生态平衡时，它们的各项生理功能都对宿主有利。致病性类型，正常情况下数量较少，寄生于正常部位，不致宿主发病；失控时可导致宿主的不良反应。中间性类型，同时具有生理和致病两种作用。肠道内微生物群的平衡对机体健康十分重要，而乳酸菌能够调节这种微生态的平衡，保证了宿主正常的生理状态。
乳酸菌在体内能够正常发挥代谢活性，分解食物中的蛋白质、糖类、合成维生素以及对脂肪。在乳酸菌蛋白酶的作用下，食物中的大分子蛋白质部分降解为宿主可以直接利用的小分子肽和必需氨基酸，显著提高了食物的消化率和生物价，促进胃肠的吸收。经乳酸菌发酵后，食物中的乳糖可被乳酸菌转化成葡萄糖和半乳糖，进而转变为乳酸等小分子化合物，易于消化。